«Новая газета» неоднократно оправдывалась за клевету и фейки, платила компенсации, проигрывала в судах. Еще в начале своего пути, в 1997 году, «Новая» опубликовала письмо журналистов ВГТРК с жалобами на тогдашнего главу компании Эдуарда Сагалаева. Судебная палата по информационным спорам при президенте РФ признала факты, изложенные в письме, недостоверными.
В 2000 году суд признал лживыми, порочащими честь и достоинство истцов сведения, изложенные в статье, касающейся нескольких депутатов Госдумы. Газета опровергла свою ложь и выплатила 110 тысяч рублей компенсации.
В 2001 году по требованию Генпрокуратуры «Новая» написала опровержение на статью «Дело ведут паханы».
В 2004 журналисты опровергали ложь по поводу роли президента «Роснефти» Сергея Богданчикова в деле Михаила Ходорковского.
В 2006 издание выплатило компенсацию в 600 тысяч рублей первому заместителю генпрокурора РФ Юрию Бирюкову по делу о защите чести и достоинства.
В начале этого года суд удовлетворил иск депутата Госдумы Андрея Скоча к «Новой газете», «Дождю» и к другим изданиям из-за публикаций о его якобы причастности к делу криминального авторитета Шакро Молодого. Весной этого года московский суд взыскал с «Новой» 40 тысяч рублей в качестве компенсации морального вреда экс-главе РЖД Владимиру Якунину.
Кроме того, Роскомнадзор не один раз выносил предупреждения изданию за агрессивные высказывания, возбуждающие расовую и национальную рознь, а также за недопустимость использования СМИ для осуществления экстремистской деятельности.
Вице-президент «Роснефти» Михаил Леонтьев в комментарии Федеральному агентству новостей заявил, что «Новая» участвует в коммерческих информационных войнах.
«Она стоит полностью в кластере всей этой нашей так сказать «оппозиционной» журналистики, которая в принципе обслуживает интересантов сноса действующей российской власти.», — сказал Леонтьев.
Ранее ФАН выпустило материал, в котором рассказало о связях журналиста «Новой газеты» Дениса Короткова с запрещенной в РФ террористической группировкой ИГ.